Drugi raz został zawieszony w 1966 za zorganizowanie spotkania dyskusyjnego z Leszkiem Kołakowskim, który kilka tygodni wcześniej został wydalony z PZPR za krytykę jej władz.
Od 1965 był objęty zakazem druku swoich tekstów. Od tego czasu pisał pod pseudonimami do „Życia Gospodarczego”, „Więzi”, „Literatury”.
Lata 1968–1988 4 marca 1968 (obok Henryka Szlajfera) został ostatecznie relegowany z uczelni za poinformowanie francuskiego reportera Bernarda Margueritte’a o manifestacji przeciwko zdjęciu przez cenzurę inscenizacji Dziadów Adama Mickiewicza w reżyserii Kazimierza Dejmka ze sceny Teatru Narodowego. Decyzja władz uniwersyteckich przy ówczesnych przepisach była bezprawna. W tym samym miesiącu Adam Michnik został zatrzymany i tymczasowo aresztowany. W 1969 skazano go na karę 3 lat pozbawienia wolności za tzw. wybryki chuligańskie. Wyższe wyroki (o pół roku) otrzymali wyłącznie Jacek Kuroń i Karol Modzelewski.