W okresie 1980–1981 był doradcą struktur Regionu Mazowsze NSZZ „Solidarność” i Komisji Hutników „Solidarności”.

Po wprowadzeniu stanu wojennego 13 grudnia 1981 został najpierw internowany, a następnie – po odmowie dobrowolnego opuszczenia kraju – aresztowany pod zarzutem tzw. próby obalenia ustroju socjalistycznego. W areszcie przebywał bez wyroku do 1984 na skutek celowo przedłużanego przez przedstawicieli aparatu represji procesu. W izolacji podjął wielotygodniową głodówkę protestacyjną, domagając się zakończenia lub umorzenia jego sprawy i uznania go za więźnia politycznego. Ostatecznie na mocy amnestii jego sprawa została umorzona, co spowodowało jego zwolnienie. Wcześniej władze sugerowały mu umożliwienie emigracji, czemu Adam Michnik się sprzeciwiał, m.in. udzielając obraźliwej listownej odpowiedzi Czesławowi Kiszczakowi.

W 1985 został ponownie aresztowany i tym razem skazany na karę 3 lat pozbawienia wolności za udział w próbie zorganizowania strajku w Stoczni Gdańskiej im. Lenina, zwolniono go ponownie na mocy amnestii w następnym roku po około siedemnastu miesiącach izolacji.