Miscellaneae controversiae philologico-philosophiacae e variis M. Tulli locis, Argent., 1630. Mysteriosophia seu doctrina de sacrementis ecclesiae, Argent., 1646. Onirocritarum Batavorum Adriani et Petri de Walenburch deliquia, quibus accessere Nuthetici Bartholdi Nihusii anoetica, monstratore Johan. Conrado Dannhawero,..., 1650. Praeadamita utis, sive Fabula primorum hominum ante Adamum conditorum explosa a Joh. Conr. Dannhawero,..., 1656. Stylus vindex aeternae Spiritus S. a Patre Filioque processionis... productus a Joh. Conrado Dannhawero... Tractatus de syllogismo ut vulgo dicitur infinito... Editio secunda permissu auctoris Joh. Conradi Dannhaweri,..., 1665. Vale triumphale Melchiori Cornaeo, Loiolitae Herbipolitano, novo perspicillifici, qui cum debellatus in materia de miraculis, Aletheae victrici respondere non posset, eam responso indignam censuit: Interea in cavendo Aristotelis recidivatu in orcum Aethiopem dealbavit missum a Joh. Conrado Dannhawero..., 1658.
Brał także udział w wielu sporach teologicznych. W latach 1635–1659 napisał wiele Programmata funebria.