Tomasza, drugi w Strasburgu pod względem powierzchni, stał się podstawowym kościołem protestanckim.
W 1770 roku prawnik Johann Reinhard Kugler został kanonikiem św. TomaszaJohans Friedriech von Schule, Die Geschichte der Quellen und Literatur des Canonischen rechts, première éd. Stuttgart, 1875-1880, reprint: New-Jersey, Lawbook exchange, 2000, t. III, p. 146.. Końcem XVIII wieku idee rewolucji francuskiej dosięgły Strasburg i zostały dość pozytywnie przyjęte przez protestantów. Tymczasem, bardzo ich niepokoiła sprzedaż dóbr. 17 sierpnia 1790 roku prawnikowi Christophowi Guillaume Koch, którego pomnik nagrobny znajduje się w północno-wschodniej części kościoła, udało się otrzymać dekret, w którym zwalnia się dobra protestanckie od sprzedaży. Dobra, które uległy sekularyzacji podczas reformacji służyły celom publicznym, zwłaszcza utrzymaniu szkół. Następnie za panowania Napoleona I nastąpiła strukturyzacja francuskiego protestantyzmu na podstawie przepisów z 8 kwietnia 1802 roku.