Upadek Emony rozpoczął się w czasach rządów osmańskich i z biegiem czasu twierdza podupadła. Przy trudno dostępnej dla dużych statków przystani, Emona pozostała na skraju bujnego wzrostu gospodarczego nowo wyzwolonych terytoriów Księstwa Bułgarii pod koniec XIX w. W czasach osmańskich wiekowe lasy dębowe w regionie zostały wycięte i przerobione na węgiel drzewny, a brzegi ogołocone. Ostatnie kroniki opisywały Emonę jako miasteczko, a czasami wieś z 100 domów.
Na początku XX wieku wielka część miejscowej ludności – potomków Greków pontyjskich przesiedliła się do Grecji, a w ich domach zamieszkali Bułgarzy wysiedleni z Turcji. Wieś miała szkołę, czytelnię, rozwiniętą hodowlę i rolnictwo. W latach socjalizmu, będąc strefą graniczną, wieś miała ograniczony dostęp i tendencje spadkową. W latach 70. i 80. XX wieku rząd Todora Żiwkowa stymulował część intelektualistów w Bułgarii, rozdając im małe działki z prawem zabudowy, celem kupienia sobie wdzięczności od inaczej myślących. Przez to intelektualiści i inni odkryli czar tego miejsca. Wieś Emona oczarowała też miłośników dzikiej przyrody.