Obecnie gatunek ten zaliczany jest do rodzaju Ducula. Muszkatela miedziana jest blisko spokrewniona z muszkatelą szaroszyją (D. oenothorax), muszkatelą białooką (D. perspicillata), muszkatelą seramską (D. neglecta) oraz muszkatelą złotooką (D. concinna). Podgatunek paulina bywa wyodrębniany do osobnego gatunku. Podgatunek andamanica jest niekiedy klasyfikowany jako jeden, wraz z D. a. sylvatica. W związku z błędnym określeniem miejsca typowego podgatunku nominatywnego, populacja określana obecnie jako podgatunek polia była wcześniej włączana do nominatywnego (aenea). Do podgatunku paulina bywają natomiast włączane podgatunki intermedia (wyspy Talaud), pallidinucha (południowo-wschodni Celebes i przybrzeżne wyspy), pulchella (wyspy Togian) oraz sulana (wyspy Banggai i Sula). Za podgatunek muszkateli miedzianej uznawana była muszkatela nikobarska (D. nicobarica), endemiczna dla Nikobarów, ale w roku 2005 została wyodrębniona jako osobny gatunek. Również muszkatela szaroszyja (D. oenothorax) z wyspy Enggano była uznawana za podgatunek muszkateli miedzianej, wyodrębniono ją do osobnego gatunku na podstawie publikacji z lat 2014, 2016 i 2021.