Zachowanie Pożywieniem wężojada czubatego, jak sugeruje jego angielska nazwa (Crested Serpent Eagle), są gady. Żywi się wężami (głównie nadrzewnymi), jaszczurkami, żabami, małymi ssakami i dużymi owadami. Często poluje w pobliżu podmokłych obszarów trawiastych. Przebywa głównie nad terenami z dużą ilością roślinności, zarówno na terenach płaskich, jak i ze wzgórzami. To gatunek osiadły, jednak w niektórych miejscach jego występowania przebywa jedynie latem. Zazwyczaj poluje wypatrując zdobyczy z gałęzi, czasami szuka zdobyczy na ziemi. Nie stanowi zagrożenia dla zwierzyny łownej i drobiu. Może zjadać padlinę węży, jeżeli ją znajdzie. Badania radiotelemetryczne przeprowadzone na Tajwanie wykazały, że ten gatunek spędza około 98% czasu wypatrując zdobyczy z gałęzi i zazwyczaj poluje aktywnie w godzinach porannych.
thumb|240px|Nagranie odgłosów wężojada czubatego
Głos Odzywa się charakterystycznym Kluee-łip-łip, często późnym rankiem lub w trakcie wznoszenia się do lotu. Można też usłyszeć drżące fłee-ee-eeer, którym odzywa się siedząc na gałęzi.