Zmarł 28 października 1787 roku w Weimarze. Pochowany został 30 października 1787 na cmentarzu Jacobsfriedhof w Weimarze. Nieznany wielbiciel zbudował mu pomnik na cmentarzu. W 1791 roku August von Kotzebue wydał jego dzieła pod tytułem Nachgelassene Schriften.
W byłym domu Musäusa przy Kegelplatz w Weimarze fundacja Albert Schweitzer-Stiftung otworzyła muzeum.
Działalność Jako pisarz był nad wyraz przeciwny jakimkolwiek sentymentalizmowi. Zwalczał wrażliwość powieści Samuela Richardsona podobnie jak fizjonomiczne fantazje „okresu geniuszy”. Był całe życie wierny swoim głęboko wpojonym racjonalnym poglądom filozoficznym. Prawie wszyscy przywódcy niemieckiego oświecenia należeli do jego przyjaciół. Na łamach czasopisma „Allgemeinen deutschen Bibliothek” omawiał powieści i inne dzieła literatury pięknej. Energicznie, szczerze i nieustannie atakował pompatyczność i fałszywą sentymentalność, szczególnie jeśli ta naśladowała zagraniczne wzory. W krytyce ograniczał się często do drobiazgów i nawet poszczególnych słów. Gdzie rzecz na to pozwalała pozostawił po sobie w recenzjach odrobinę satyry i humoru.