W 1924 roku dokonano wymiany terytoriów – Polska otrzymała górną część wsi Lipnica Wielka, a w zamian oddała Czechosłowacji wsie Głodówka i Sucha Góra. 1 lipca 1925 roku zniesiono powiat spisko-orawski, a jego terytorium włączono do powiatu nowotarskiego. 1 sierpnia 1934 zniesiono gminy jednostkowe, a Lipnicę Wielką i Lipnicę Małą włączono do nowo utworzonej zbiorowej gminy Jabłonka.
Gminę Lipnica Wielka reaktywowano 1 stycznia 1973 w powiecie nowotarskim w woj. krakowskim w składzie 2 sołectw: Lipnica Mała i Lipnica WielkaUchwała Nr XVIII/92/72 Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie z dnia 6 grudnia 1972 w sprawie utworzenia gmin w województwie krakowskim oraz ustalenia siedzib gminnych rad narodowych (Dziennik Urzędowy Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie z dnia 8 grudnia 1972 Nr 18, poz. 268). 1 czerwca 1975 roku gmina znalazła się w nowo utworzonym woj. nowosądeckim. 15 stycznia 1976 roku gmina została zniesiona, a jej obszar połączono z dotychczasową gminą Jabłonka w nową gminę Jabłonka.
Gminę Lipnica Wielka reaktywowano po raz trzeci 2 kwietnia 1991 w zmienionych granicach względem tych z 1976 roku.