W strukturze wykształcenia kobiet największy udział miały osoby posiadające wykształcenie podstawowe ukończone (22,3%) oraz zasadnicze zawodowe (20,1%). Wśród mężczyzn dominowało wykształcenie zasadnicze zawodowe (33,7%) i średnie zawodowe (20,0%). W porównaniu z przeciętnymi wartościami dla województwa kujawsko-pomorskiego mieszkańcy gminy Lipno charakteryzowali się niższym poziomem wykształcenia.
W 2024 roku na terenie gminy funkcjonowały 2 przedszkola, do których uczęszczało 95 dzieci, w tym 47 dziewczynek oraz 48 chłopców. Zajęcia odbywały się w 5 oddziałach wychowania przedszkolnego. Mieszkańcy w wieku 3–6 lat stanowili 17,5% ogółu ludności w wieku potencjalnej nauki, przy czym udział ten wynosił 16,6% wśród dziewcząt oraz 18,4% wśród chłopców. Na tysiąc dzieci w wieku przedszkolnym 485 uczęszczało do placówek wychowania przedszkolnego.