Sezon 2012/2013 FIS Marathon Cup rozpoczął się 12 grudnia 2012 roku włoskim maratonem La Sgambeda, a zakończył 10 marca 2013 roku szwajcarskim Engadin Skimarathon.
Obrońcami tytuły byli: Włoszka Stephanie Santer, a wśród mężczyzn Czech Stanislav Řezáč. W tym sezonie triumfowali: Estonka Tatjana Mannima i Włoch Sergio Bonaldi
Kalendarz i wyniki Kobiety Lp.DataZawodyDystans1. miejsce2. miejsce3. miejsce1.16 grudnia 2012 Livigno – La Sgambeda42 km s. dowolnym Riitta-Liisa Roponen Kaciaryna Rudakowa Seraina Boner2.13 stycznia 2013 Bedřichov – Jizerská Padesátka50 km s. klasycznym Wałentyna Szewczenko Seraina Boner Aino-Kaisa Saarinen3.20 stycznia 2013 Lienz – Dolomitenlauf42 km s. dowolnym Olga Michajłowa Tatjana Mannima Antonella Confortola4.27 stycznia 2013 Predazzo – Marcialonga70 km s. klasycznym Seraina Boner Laila Kveli Tatjana Jambajewa5.3 lutego 2013 Oberammergau – König-Ludwig-Lauf42 km s. dowolnym Zawody odwołano6.10 lutego 2013 Lamoura – Transjurassienne57 km s. dowolnym Célia Bourgeois Stephanie Santer Wałentyna Szewczenko7.17 lutego 2013 Otepää – Tartu Maraton63 km s. klasycznym Sandra Hansson Stephanie Santer Ursina Badilatti8.23 lutego 2013 Hayward – American Birkebeiner52 km s. dowolnym Caitlin Gregg Tatjana Mannima Caitlin Patterson9.10 marca 2013 Samedan – Engadin Skimarathon42 km s.