Jest bardziej odporna na działanie kwasów niż sacharoza. Ta właściwość pozwala na stosowanie jej w napojach o obniżonym pH.
Izomaltuloza jest cukrem redukującym, przez co bierze udział w reakcji Maillarda.
Izomaltuloza wykazuje właściwości antyoksydacyjne. Właściwości te są jednak znacznie mniejsze niż w przypadku klasycznych antyutleniaczy, ale z uwagi na dużą ilość cukrów w pokarmach mogą mieć znaczenie.
Metabolizm Trawienie izomaltulozy w organizmie człowieka jest wolniejsze niż w przypadku sacharozy. Produkty rozkładu izomaltulozy są niemal w całości wchłaniane w jelicie cienkim, co zapobiega nadmiernej fermentacji w jelicie grubym. Ponieważ izomaltuloza jest wolniej rozkładana w organizmie, powstające w ten sposób monosacharydy wchłaniane są dłużej. Izomaltuloza jest rozkładana do glukozy i fruktozy, które to dostarczają około 4 kcal/g energii, podobnie jak w przypadku sacharozy.
Izomaltuloza charakteryzuje się niższym indeksem glikemicznym (11) niż sacharoza (58–65). Jej utlenianie jest znacznie wolniejsze niż w przypadku sacharozy.
Izomaltuloza jest cukrem o mniejszej słodyczy niż sacharoza. Wynosi ona około 0,48 słodyczy sacharozy.