Po wkroczeniu wojsk radzieckich w grudniu 1944 roku został aresztowany i do stycznia następnego roku więziony w Rzeszowie. Po zwolnieniu został skierowany na Śląsk, w ramach akcji jego repolonizacji. Pracował między innymi w Bytomiu i na Opolszczyźnie. 19 czerwca 1950 roku, po wygłoszeniu antykomunistycznego kazania wielkopostnego, został aresztowany przez funkcjonariuszy Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa w Rzeszowie za tzw. szeptaną propagandę i w grudniu skazany na cztery lata więzienia. Zwolniony po amnestii w 1953 roku, jako inwalida, został ponownie wysłany do diecezji opolskiej. Pracował między innymi w parafiach Szklary oraz Goświnowice, gdzie był proboszczem. W 1960 roku został skazany na rok więzienia za budowę kaplicy. Dziesięć lat później w Krakowie uczestniczył w sesji naukowej Polskiej Akademii Nauk dotyczącej tajnego nauczania. W 1976 roku został awansowany do stopnia pułkownika. W 1983 roku otrzymał godność kapelana honorowego Jego Świątobliwości.
Zmarł w 1985 roku w Goświnowicach.
Bibliografia Grzegorz Ostasz: Podziemna armia: Podokręg AK Rzeszów. Rzeszów: 2010. . Andrzej Zagórski: Stefański Józef [w:] Małopolski słownik biograficzny uczestników działań niepodległościowych 1939–1956. Tom 1. Kraków: 1997.