Zgodnie z Preambułą Statutu Stowarzyszenia misją Klubu Jagiellońskiego jest działanie dla dobra i pożytku Rzeczypospolitej oraz pomnażanie dziedzictwa duchowego, intelektualnego i politycznego Polski poprzez troskę o dobro wspólne, sprawiedliwość, odpowiedzialność, przedsiębiorczość oraz szacunek dla tradycji i religii.
Działalność ekspercka w ramach Centrum Analiz Klubu Jagiellońskiego prowadzona jest w duchu poszanowania czterech fundamentalnych wartości: wolności, własności, wspólnoty oraz tradycji.
Historia Pierwsze działania dzisiejszego Klubu Jagiellońskiego zapoczątkowała grupa studentów Uniwersytetu Jagiellońskiego w marcu 1988, jeszcze bez oficjalnej nazwy, zbierając podpisy za obroną prorektora UJ prof. Stanisława Grodziskiego. Wiosną 1989 zapadła decyzja o konieczności powstaniu koła naukowego przy krakowskiej uczelni. Kilka tygodni później powstał Studencki Klub Uniwersytetu Jagiellońskiego. 12 maja 1994 Klub uzyskał osobowość prawną. Pierwszym prezesem został Arkady Rzegocki. Na przełomie 1996 i 1997 członkowie stowarzyszenia zorganizowali szereg debat przed uchwaleniem konstytucji. W 2002 został wydany pierwszy numer (teka) „Pressji”, kwartalnika Klubu, pt.