Działalność i projekty Klub Jagielloński posiada aktualnie dwa ośrodki centralne: w Krakowie przy Rynku Głównym 34 oraz w Warszawie przy ul. Andersa 35. Organizacja posiada również oddziały w Katowicach, Wrocławiu, Poznaniu i Gdańsku. W oddziałach odbywają się regularne spotkania i wykłady o charakterze eksperckim i formacyjnym, realizowane są lokalne projekty społeczne i edukacyjne, a także prowadzone są prace w ramach projektów ogólnopolskich.
Najważniejsze ogólnopolskie projekty Klubu to:
Centrum Analiz Klubu Jagiellońskiego (CAKJ) – think-tank gromadzący kilkudziesięciu ekspertów podzielonych na kilkanaście zespołów tematycznych. Rolą Centrum Analiz jest wypracowanie zaawansowanych diagnoz i rekomendacji rozwiązań najistotniejszych problemów polskiej gospodarki oraz życia publicznego, takich jak ustrój państwa, administracja, finanse publiczne, gospodarka, nauka i innowacje, edukacja, energetyka, transport, dyplomacja i bezpieczeństwo, polityka morska, ubezpieczenia społeczne, polityka rodzinna, mieszkalnictwo, rolnictwo oraz ochrona zdrowia. Dyrektorem zarządzającym CAKJ jest Paweł Musiałek.
klubjagiellonski.pl (wcześniej J24) – portal publicystyczny Klubu Jagiellońskiego, który pojawił się w sieci w sierpniu 2013 roku.