Sezon 2009/2010 FIS Marathon Cup rozpoczął się 13 grudnia 2009 roku włoskim maratonem La Sgambeda, a zakończył 20 marca 2010 roku norweskim Birkebeinerrennet.
Obrońcami tytułu byli: Szwedka Jenny Hansson wśród kobiet oraz Włoch Marco Cattaneo wśród mężczyzn. W tym sezonie Hansson obroniła wywalczony rok wcześniej tytuł, a wśród mężczyzn zwyciężył inny reprezentant Włoch - Fabio Santus.
Kalendarz i wyniki Kobiety LpDataZawodyDystans1. miejsce2. miejsce3. miejsce1.13 grudnia 2009 Livigno - La Sgambeda42 km s. dowolnym Wałentyna Szewczenko Antonella Confortola Julija Czekalowa2.10 stycznia 2010 Bedřichov - Jizerská Padesátka50 km s. klasycznym Sandra Hansson Jenny Hansson Susanne Nyström3.24 stycznia 2010 Lienz - Dolomitenlauf42 km s. dowolnym Jenny Hansson Natascia Leonardi Cortesi Tatjana Mannima4.31 stycznia 2010 Predazzo - Marcialonga70 km s. klasycznym Jenny Hansson Sandra Hansson Susanne Nyström5.14 lutego 2010 Lamoura - Transjurassienne76 km s. dowolnym Susanne Nyström Natascia Leonardi Cortesi Pia Sundstedt 6.21 lutego 2010 Otepää - Tartu Maraton63 km s. klasycznym Sandra Hansson Jenny Hansson Anu Tähtinen7.27 lutego 2010 Hayward - American Birkebeiner52 km s. dowolnym Rebecca Dussault Tazlina Mannix Brooke Gosling8.67 marca 2010 Sälen - Vasaloppet90 km s.