Sezon 2006/2007 FIS Marathon Cup rozpoczął się 17 grudnia 2006 roku włoskim maratonem La Sgambeda, a zakończył 11 marca 2007 roku szwajcarskim Engadin Skimarathon.
Obrońcami tytułu byli: Włoszka Cristina Paluselli wśród kobiet oraz jej rodak Marco Cattaneo wśród mężczyzn. W tym sezonie triumfowali: Szwedka Elin Ek, a wśród mężczyzn zwyciężył także reprezentant Szwecji – Jerry Ahrlin.
Kalendarz i wyniki Kobiety Lp.DataZawodyDystans1. miejsce2. miejsce3. miejsce1.17 grudnia 2006 Livigno – La Sgambeda42 km s. dowolnym Lara Peyrot Jenny Hansson Veronica Cavallar2.14 stycznia 2007 Bedřichov – Jizerská Padesátka50 km s. klasycznym Zawody odwołano3.28 stycznia 2007 Predazzo – Marcialonga70 km s. klasycznym Hilde Pedersen Elin Ek Susanne Nyström4.4 lutego 2007 Oberammergau – König-Ludwig-Lauf50 km s. klasycznym Elin Ek Jenny Hansson Lara Peyrot5.11 lutego 2007 Lamoura – Transjurassienne54 km s. dowolnym Zawody odwołano6.18 lutego 2007 Otepää – Tartu Maraton63 km s. klasycznym Elin Ek Lara Peyrot Jenny Hansson7.4 marca 2007 Sälen – Vasaloppet90 km s. klasycznym Elin Ek Jenny Hansson Lara Peyrot8.11 marca 2007 Samedan – Engadin Skimarathon42 km s. dowolnym Laurence Rochat Elin Ek Ursina Badilatti