Sezon 2000/2001 FIS Marathon Cup rozpoczął się 28 stycznia 2001 roku włoskim maratonem Marcialonga, a zakończył 11 marca 2001 roku szwajcarskim Engadin Skimarathon.
Obrońcami tytułu byli: Rosjanka Swietłana Nagiejkina wśród kobiet oraz Estończyk Raul Olle wśród mężczyzn. W tym sezonie triumfowali reprezentująca Szwecję Antonina Ordina wśród kobiet, a wśród mężczyzn najlepszy był Włoch Gianantonio Zanetel.
Kalendarz i wyniki Kobiety LpDataZawodyDystans1. miejsce2. miejsce3. miejsce1.28 stycznia 2001 Predazzo - Marcialonga45 km s. dowolnym Irina Składniewa Nadieżda Sliesariewa Jewgienija Biczugowa2.10 lutego 2001 Lahti - Finlandia-hiihto50 km s. klasycznym Antonina Ordina Irina Składniewa Elina Mäki-Rautila 3.24 lutego 2001 Hayward - American Birkebeiner52 km s. dowolnym Nadieżda Sliesariewa Antonina Ordina Unni Ødegård 4.4 marca 2001 Sälen - Vasaloppet90 km s. klasycznym Ulrika Persson Sofia Lind Antonina Ordina 5.11 marca 2001 Samedan - Engadin Skimarathon42 km s. dowolnym Brigitte Albrecht-Loretan Irina Składniewa Cornelia Porrini