Antoniego Wierzejskiego i przeniósł się do Krakowa, gdzie otrzymał etat asystenta, następnie docenta, a w 1903 został profesorem nadzwyczajnym zoologii. W 1911 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego filozofii przyrody i stanął na czele Katedry Filozofii Przyrody, w 1922 zainicjował powstanie Zakładu Psychogenetycznego, którym kierował do 1926. W latach 1928–1929 przebywał w szpitalu i na urlopie zdrowotnym, a 31 sierpnia 1935 przeszedł na emeryturę. 6 listopada 1939 Garbowski, choć nie miał obowiązku jako już emerytowany profesor, zgłosił się na spotkanie z władzami okupacyjnymi, został aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau, a następnie wywieziony wraz z innymi uczonymi krakowskimi do Sachsenhausen, gdzie zmarł z wyczerpania i biegunki głodowej. Jego prochy sprowadzono do Krakowa i pochowano na cmentarzu Rakowickim.

Dorobek naukowy Pisarskie dziedzictwo stanowią prace Garbowskiego z zakresu filozofii przyrody i biologii, szczególnie psychogenetyki. Jego dorobek naukowy obejmuje blisko 70 publikacji. Wskutek przedwczesnej śmierci wiele prac i książek pozostawił niedokończonych. Wraz z Elizą Orzeszkową współautor powieści Ad astra (1904). Współautorstwo Garbowskiego zostało ujawnione 1935.