W tym czasie jego matka Gerda stała się obiektem ciągłych przesłuchań ze strony oficerów CIC (Combined Intelligence Committee – połączonych jednostek wywiadowczych brytyjskiego i amerykańskiego wywiadu). Wkrótce zmarła na raka w szpitalu więziennym w Meran 23 kwietnia 1946. W następnym roku Martin dowiedział się o śmierci matki z artykułu w gazecie „Salzburger Nachrichten”. Wtedy też przyznał się do swojej prawdziwej tożsamości Nikolasowi Hohenwaterowi, który przekazał z kolei tę informację lokalnemu księdzu w Weißbach, który poinformował przełożonego seminarium z kościoła Maria Kirchtal, a ten natychmiast wziął Bormanna pod swoją opiekę.
Bormann nawrócił się na katolicyzm. Gdy był ministrantem w Maria Kirchtal, został aresztowany przez amerykański wywiad i uwięziony w Zell am See na kilka dni w celu przesłuchania, po czym powrócił do swojej parafii. Przebywał tam aż do momentu, gdy przeniósł się do kościoła Serca Jezusa Misjonarza w Ingolstadt. Miał wtedy możliwość utrzymywania kontaktu ze wszystkimi swoimi braćmi i siostrami oprócz jednej.
Okres kapłaństwa W 1958 roku został wyświęcony na księdza i pełnił swoją posługę w zakonie Misjonarzy Najświętszego Serca Jezusowego.