Klotianidyna jest alternatywą dla insektycydów fosforanoorganicznych, karbaminianów i pyretroidów. Stwarza mniejsze ryzyko dla ssaków, włączając w to ludzi, w porównaniu z insektycydami fosforanoorganicznymi i karbaminianami. Pomogła powstrzymać szkodliwe owady, które zbudowały odporność na te insektycydy i pyretroidy.
Według Agencji Ochrony Środowiska jedno z największych zagrożeń, jakie niesie za sobą klotianidyna to oddziaływanie na insekty niebędące przedmiotem zwalczania (pszczoły miodne). Chociaż oddział Agencji Ochrony Środowiska badający zachowanie się środków chemicznych w środowisku naturalnym i niesionych przez nie efektów (Environmental Fate and Effects Division) nie podaje oceny ryzyka pestycydu dla owadów niedocelowych, informacje uzyskane ze standardowych badań terenowych, jak też raporty z danymi o innych insektycydach neonikotynoidowych (na przykład imidaklopridzie), sugerują potencjalną szkodliwość tych środków dla pszczół i innych pożytecznych owadów.