W kampanii wrześniowej uczestniczył jako ochotnik. Mieszkał podczas okupacji niemieckiej do listopada 1943 przy Madalińskiego 42, następnie przy ul. Dobrej u Sióstr Urszulanek i później przy ul. Okólnik. Od kwietnia 1940 w konspiracji w ZWZ-AK, gdzie pod pseudonimami „Niemyski” i „Urbański” kierował do 1943 referatem spraw kultury i oświaty w Wydziale Informacji BIP Komendy Głównej AK. Był również od 1940 wykładowcą tajnego UW i SGGW. Wiosną 1941 po utworzeniu Kierownictwa Walki Cywilnej był zastępcą Stefana Korbońskiego i używał wówczas pseudonimu „Krajewski”. Do stycznia 1943 przebywał w okolicy Skierniewic, a następnie udał się do Krakowa. W tym samym roku powrócił do Warszawy.

Kierował od 1945 reaktywowanym przez siebie Zakładem Zoologii UW, a następnie od 1947 Katedrą Limnologii SGGW i Zakładem (później Katedrą) Hydrobiologii UW od 1952. W 1936 był habilitowany w UW, a w 1948 mianowany profesorem nadzwyczajnym SGGW i w 1952 w UW. Profesor zwyczajny w 1937. Członek korespondent od 1946, a członek zwyczajny Towarzystwa Naukowego Warszawskiego od 1948. Był również prezesem Polskiego Towarzystwa Hydrobiologicznego, przewodniczącym warszawskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Zoologicznego i od 1959 członkiem Komitetu Ekologicznego PAN.