Seminarium zostało zamknięte około 1808-1809 roku na mocy dekretu Józefa Bonapartego. W tym okresie znacznie ograniczono liczbę klasztorów w Hiszpanii, a następnie rozwiązano zakony. W 1814 roku i w latach 1820–1823 budynek stanowił miejsce zebrań Kortezów; w tym okresie retabulum zostało rozmontowane. W 1823 roku znów funkcjonował jako kościół, jednak przywrócono jedynie centralny obraz z retabulum przedstawiający Zwiastowanie. W 1835 roku budynek znów stał się siedzibą instytucji politycznych i pozostaje nią do dzisiaj.
Płótna tworzące retabulum zostały najprawdopodobniej przeniesione w 1813 roku do augustyńskiego klasztoru San Felipe el Real i do siedziby Inkwizycji. Następnie trafiły do Królewskiej Akademii Sztuk Pięknych św. Ferdynanda, a stamtąd do Muzeum Trójcy Świętej, które w 1872 roku połączono z Prado. Podczas licznych przenosin zaginęła architektoniczna część retabulum (2), a jedno z płócien przedstawiające Pokłon pasterzy zostało sprzedane. W 1888 roku sprzedane płótno trafiło do kolekcji rumuńskiej rodziny królewskiej, a w 1948 roku do Narodowego Muzeum Sztuki w Bukareszcie.
Rekonstrukcja Rekonstrukcja hipotetycznego wyglądu retabulum María de Aragón 125px 149px 120px 115px 157px 114px