Na terenie gminy wyróżnia się kilka typów siedlisk przyrodniczych: zbiorowiska roślinności wodnej, zbiorowiska łąkowe i pastwiskowe, zbiorowiska szuwarowe, zbiorowiska łęgowe, zbiorowiska leśne i zaroślowe, zbiorowiska torfowiskowe, zbiorowiska kserotermiczne.
W Gminie Niedźwiada znajdują się unikatowe enklawy przyrodnicze, które zostały objęte ochroną prawną: rezerwat Jezioro Bagno zlokalizowane w Brzeźnicy Książęcej. Zajmuje powierzchnię 167,8 ha. W jego skład wchodzi torfowisko traw tzw. Bagno Jezioro i przylegające do niego torfowisko niskie z zakrzewieniami, zadrzewieniami, potorfiami i łąkami. użytek ekologiczny Piskornica ulokowany w Brzeźnicy Książęcej. Zajmuje powierzchnię 65,5 ha. Tworzą go potorfia i łąki położone w dolinie Piskornica. zespół przyrodniczo-krajobrazowy Górka Lubartowska mający powierzchnię 89 ha i obejmujący fragment wąskiej doliny Wieprza. korytarz ekologiczny – Dolina Wieprza pełni rolę korytarza ekologicznego o znaczeniu regionalnymi jest głównym, naturalnym ciągiem ekologicznym na terenie tutejszej gminy. korytarz ekologiczny – obszar jeziora w zlewni górnej Bobrówki z doliną Wieprza na terenie gminy obejmuje fragment wielogatunkowego lasu Pałeckiego ze śródleśnymi łąkami