Od października 1939 w konspiracji w SZP-ZWZ-AKZaprzysiężony przez ppłk. Leopolda Okulickiego.. Pełnił początkowo obowiązki szefa sztabu dowództwa wojewódzkiego SZP – Komendy Okręgu Łódź ZWZ i inspektora łódzkiego pod pseudonimem „Preisner”. Od sierpnia do września 1940 po odwołaniu Okulickiego do Warszawy pełnił funkcję komendanta Okręgu Łódź ZWZ-AK pod pseudonimami „Kornik” i „Stanisław Kornik”. W czasie jednej z podróży do Warszawy w grudniu 1941 został zatrzymany na granicy Generalnego Gubernatorstwa, ale udało mu się zbiec. Został przeniesiony do Warszawy w maju 1942 i po kpt. Jerzym Antoszewiczu „Iwo” został szefem Biura Personalnego i zastępcą ppłk. Antoniego Sanojcy „Kortuma”Szef Oddziału I Organizacyjnego sztabu KG AK.. Odtąd używał pseudonimu „Kuba”, a w lutym 1943 przekazał funkcję szefa Biura Personalnego ppłk. Janowi Gorazdowskiemu „Wolańskiemu”. Aż do wybuchu powstania warszawskiego pełnił funkcję zastępcy szefa Oddziału I sztabu KG, prowadząc m.in. sprawy scaleniowe oddziałów NOW.