21 listopada 1800 odbyło się pierwsze posiedzenie Kongresu USA w nowo wybudowanym budynku Kapitolu, a następnego dnia prezydent Adams wygłosił pierwsze przemówienie w tym budynku.
13 lutego 1801 Kongres przyjął ustawę rozbudowującą system sądowniczy Stanów Zjednoczonych, który przewidywał powołanie 18 nowych sędziów federalnych. John Adams podpisał nominacje w ostatnim dniu urzędowania, lecz Jefferson unieważnił je 22 kwietnia 1802.
Nominacje do Sądu Najwyższego John Adams nominował trzech sędziów Sądu Najwyższego Stanów Zjednoczonych (w tym jednego prezesa Sądu): (11) Bushrod Washington (4 lutego 1799) (12) Alfred Moore (21 kwietnia 1800) (13) John Marshall (4 lutego 1801) – 4. Prezes
Emerytura i śmierć thumb|left|Miejsce spoczynku prezydentów Adamsów z żonami w Quincy Po opuszczeniu Białego Domu, Adams nie pojawił się na zaprzysiężeniu Jeffersona i powrócił do rodzinnego Braintree, gdzie zajął się czytaniem książek i pisaniem autobiografii. Pomimo tego, że pozostawał z dala od polityki, angażował się w publicystykę polityczną, a w 1820 roku został nawet wybrany na przewodniczącego konwencji stanowej Massachusetts.