w 1766 doszło do „buntu maślanego”, a w latach 1807–1808 do „buntu zepsutej kapusty”..

Mianem uniwersytetu (zamiast funkcjonującej do tej pory nazwy college) posłużyła się po raz pierwszy Konstytucja Massachusetts z 1780 roku. Na początku XIX wieku szkołę zreformowano, głównie za sprawą .

Najważniejszym wydarzeniem w dziejach Harvardu w drugiej połowie XIX wieku były zmiany wprowadzone przez , prezydenta Uniwersytetu w latach 1869–1909. Zmusił on profesorów do prowadzenia badań. Doprowadził też do zmian w programie nauczania, łącząc teoretyczną wiedzę z praktyką.

Obecnie na uniwersytecie studiuje około 21 tys. osób.

Na uniwersytecie działa, założone w 1990, stowarzyszenie studentów polskich o nazwie „Polskie Towarzystwo na Harvardzie” (ang. ).

Organizacja Harvard jest zarządzany przez dwa organy – , znany również jako oraz założony w 1960 .