W okresie od 1941 do października 1943 pracował jako magazynier w hurtowni warzyw, jako pracownik wykradał z niej zamówienia i uczestniczył w antyhitlerowskim sabotażu. W 1943 KPN została włączona w struktury Armii Krajowej, Jędrzejewski kontynuował działalność w podziemiu, prowadził skup broni, dokonywał akcji sabotażowych, był odpowiedzialny za kolportaż prasy. W lecie tego samego roku ukończył Szkołę Podchorążych Rezerwy Piechoty. Od jesieni w partyzantce do lutego 1944 walczył w oddziale w rejonie Łuków-Siedlce. Następnie wrócił do stolicy gdzie przystąpił do oddziału Kedywu KG AK. Wziął udział w powstaniu warszawskim. Uczestniczył w walkach na Woli, Starym Mieście, Śródmieściu Południowym. Dowodził obroną Pałacyku Branickich. Brał udział w "desancie kanałowym" na plac Bankowy. Został awansowany do stopnia podporucznika. Po upadku powstania trafił do niewoli niemieckiej.