Najprawdopodobniej po aresztowaniu w 1940 został zwerbowany przez Ludowy Komisariat Bezpieczeństwa Państwowego i otrzymał pseudonim „Wąsacz” (Usacz). Po zmianie nazwiska z Szerman na Szymański od sierpnia 1941 organizował grupy partyzanckie na Białorusi. W 1943 walczył w sowieckich oddziałach partyzanckich. Został naczelnikiem wojenno-sanitarnej służby Zjednoczonych Baranowickich Partyzantów. W październiku 1944 został oddelegowany przez ZG ZPP w Moskwie do Wilna, gdzie pełnił funkcje naczelnika Wydziału Wojskowego ZPP i pełnomocnika ZPP na Białorusi. W Wilnie znany był pod nazwiskiem Benedykt Szerman Markowicz. Po oficjalnej likwidacji Wydziału Wojskowego, w marcu 1945 został mianowany wiceprzewodniczącym ZR ZPP w Wilnie.
W następnych latach służby wojskowej awansował od stopnia kaprala do stopnia pułkownika w 1944. Po przyjeździe do Polski centralnej latem 1945 został skierowany do Bydgoszczy w celu pełnienia dalszej służby wojskowej w Pomorskim Okręgu Wojskowym. W 1945 polskie służby bezpieczeństwa wszczęły wobec niego agenturalne rozpracowanie, które dotyczyło wszystkich pracowników Wydziału Wojskowego ZR ZPP w LSRS. Po powrocie do kraju tworzyli oni według polskich służb bezpieczeństwa, zwartą grupę która stanowiła potencjalne niebezpieczeństwo dla władz komunistycznych.