Pierwszy raport zatytułowany „Zagadnienie żydowskie w Polsce pod okupacjami” Karski wraz z bratem Marianem Kozielewskim napisał już w końcu grudnia 1939 roku z polecenia kierownictwa Polskiego Państwa Podziemnego. Dotyczył on losów społeczności żydowskiej pod dwiema okupacjami – niemiecką oraz sowiecką. Raport ten za pośrednictwem chargé d’affaires Dawidowicza w pierwszych dniach stycznia 1940 roku otrzymał Rząd Rzeczypospolitej Polskiej na uchodźstwie rezydujący wówczas we francuskim mieście Angers. Drugi raport przygotowany został dla aliantów oraz polskiego rządu na zachodzie na przełomie lat 1941–1942Misja Karskiego w Muzeum Historii Polski. Fragmenty raportów Karskiego w wersji online..
Latem 1942 roku Cyryl Ratajski, Delegat Rządu na Kraj, powierzył Janowi Karskiemu misję do premiera, generała Władysława Sikorskiego, a także do swoich przedstawicieli w Londynie: przywódcy PPS, Stronnictwa Narodowego, Stronnictwa Pracy i Stronnictwa Ludowego. Karski podczas pobytu w okupowanej Polsce zebrał informacje dotyczące sytuacji ludności żydowskiej oraz dowody na ich eksterminację. Jesienią 1942 roku udał się z misją do Wielkiej Brytanii z misją, której celem było poinformowanie polskiego rządu w Londynie oraz społeczności międzynarodowej o eksterminacji Żydów.