Współcześnie postać gracza jest manipulowana przez Johna, kierownika działu techniki informatycznej w Abstergo Entertainment, który przekonuje ją, żeby odkryła sekrety swoich pracodawców. Gracz włamuje się do kilku terminali, zdobywa z nich informacje, a następnie przekazuje je asasynom, którzy przeniknęli do Abstergo. Kiedy obiekt zostaje zamknięty po wykryciu włamań, John każe graczowi uzyskać dostęp do rdzenia animusa, żeby uwolnić z rdzenia Juno, która znalazła się tam po aktywowaniu Świątyni przez Desmonda Milesa. Oznajmia ona jednak, że jej czas jeszcze nie nadszedł. Rozłoszczony John ujawnia się jako nowa inkarnacja Mędrca i usiłuje zabić gracza, ale sam zostaje zabity przez ochronę Abstergo. Po jego śmierci z graczem kontaktują się asasyni, którzy informują, że będą kontynuować infiltrację templariuszy.
Rozgrywka Assassin’s Creed IV: Black Flag jest grą z otwartym światem, w której wydarzenia przedstawiane są z perspektywy trzecioosobowej, a w wątku współczesnym z perspektywy pierwszoosobowej.