13 maja 1994, w trzynastą rocznicę zamachu na Jana Pawła II, klasztor rozpoczął działalność. Postanowiono, że zakonnice mieszkające w klasztorze będą się zmieniać co 5 lat. W 2009 okres ten, ze względu na duże zainteresowanie wśród zgromadzeń, zmniejszono do 3 lat. W klasztorze mieszkały: klaryski (1994–1999) karmelitanki bose (1999–2004) benedyktynki (2004–2009) wizytki (2009–2012).
W listopadzie 2012 ponownie rozpoczęto remont klasztoru.
2 maja 2013 klasztor został rezydencją emerytowanego papieża Benedykta XVI, który zapowiedział, że resztę życia chce spędzić w odosobnieniu, na rozmyślaniach i modlitwie. Mieszkał tam aż do swojej śmierci 31 grudnia 2022.
1 października 2023 papież Franciszek postanowił przywrócić działalność w klasztorze zakonnic klauzurowych i zaprosił do zamieszkania w nim benedyktynki z opactwa św. Scholastyki w Victorii, w Argentynie. Zakonnice zamieszkały w klasztorze z początkiem stycznia 2024.