Oskarżano go równocześnie i o ateizm, i o udzielanie się w kościele katolickim.
Zmarł 29 lipca 1573 roku w Londynie, w szpitalu św. Bartłomieja. Ciało pochowano w kaplicy Kolegium pod pomnikiem, który sam zaprojektował.
Spuścizna W roku 1557 w Katedrze św. Pawła postawił pomnik ku pamięci Thomasa Linacre'a. Był pionierem anatomii. Jego prace dotyczyły głównie analizy dzieł starożytnych, epidemiologii i "potów angielskich". Prawdopodobnie zaprojektował i przedstawił pierwszy srebrny kaduceusz, obecnie znajdujący się w herbie college'u.
Prace Annals of the College from 1555 to 1572 Translation of several of Galen's works, printed at different times abroad Hippocrates de Medicamentis, first discovered and published by Dr Caius; also De Ratsone Vicius (Lov. 1556, 8vo) De Mendeti Methodo (Basel, 1554; London, 1556, Svo) Account of the Sweating Sickness in England (London, 1556, 1721), (it is entitled De Ephemera Britannica) History of the University of Cambridge (London, 1568, 8vo; 1574, 4to, in Latin) De Thermis Britannicis;