W grudniu 1928 został przewieziony na Ural, gdzie miał dodatkowo odbyć karę trzyletniego zesłania.
W czasie transportu, między Leningradem a Tobolskiem został oskarżony, razem z biskupem Ambrożym (Polańskim) i towarzyszącą im Jekatieriną Skadowską, o prowadzenie agitacji antyradzieckiej, śledztwo zostało jednak umorzone. Na zsyłce żył kolejno w Obdorsku, Mużach i Nowym Kiewacie. Tam też w 1931 został aresztowany i oskarżony o działalność kontrrewolucyjną, do czego się nie przyznał. Skazano go na kolejną, dwuletnią zsyłkę do Ałmaty. Po odbyciu wyroku żył krótko w Moskwie u brata, następnie u matki w Tomsku, ostatecznie jednak osiadł w Kamyszynie, gdzie na zesłaniu przebywał jego przyjaciel, ks. Joann Skadowski. Utrzymywał kontakty z eparchią chersońską, dary pochodzących z niej duchownych i wiernych zapewniały obydwu duchownym utrzymanie. Ks. Skadowski i biskup Prokopiusz urządzili w swoim domu prywatną cerkiew.