Od początku 1942 roku oficjalnie objął stanowisko „zarządcy komisarycznego” (w praktyce dyrektora) wszystkich polskich obserwatoriów astronomicznych znajdujących się na terenie Generalnego Gubernatorstwa (w Krakowie, Lwowie i Warszawie oraz stacji obserwacyjnych na Lubomirze i Popie Iwanie). W drugiej połowie 1943 i na początku 1944 służył w wojsku.
Zachowały się informacje świadczące o tym, że podczas pełnienia tej funkcji okazywał dużą solidarność z polskimi astronomami. Pisze o tym m.in. Konrad Rudnicki: jest faktem, że Walter, będący – owszem – członkiem NSDAP, nie splamił się żadnym własnym zarządzeniem antypolskim, a wykonywanie takich zarządzeń odgórnych raczej łagodził wskazówkami wykonawczymi lub patrzeniem przez palce na sposób ich wykonywania.. Podobne opinie wyrażali Eugeniusz Rybka i Karol Kozieł. Z drugiej strony, Walter próbował wywieźć instrumenty astronomiczne znajdujące się w lwowskim obserwatorium i ewakuować personel naukowy krótko przed zajęciem tego miasta przez wojska radzieckie.