Co najmniej od lat 40. przebywał w Warszawie, gdzie w roku 1843 ożenił się z Józefą Aleksandrą Chmielewską (1827–1892), córką Walentego i Zofii ze Skibińskich. Mieli co najmniej siedmioro dzieci: Kaspra (ur. 1844 w Krakowie), Bronisławę Olimpię (ur. 1845), Julię (ur. 1848), Antoninę Magdalenę (ur. 1854), Kazimierza Hipolita (ur. 1855), Juliana (ur. 1857), Bronisława Wilhelma (ur. 1859) i Antoniego (ur. 1861). Początkowo rodzina mieszkała w Krakowie, następnie w Proszowicach, a od 1854 roku przebywała w Królestwie. Prawdopodobnie to wówczas, około połowy lat 50., Józef Zajączkowski uczył się fotografii u warszawskiego fotografa Karola Beyera.
Około 1860 roku Zajączkowscy przenieśli się do Zgierza, gdzie Józef otworzył zakład fotograficzny. Istniał on krótko, gdyż w połowie 1862 roku rodzina przeprowadziła się do Łodzi i również tu Józef Zajączkowski otworzył własne atelier, działające najpierw przy Nowym Rynku 8 (obecnie Plac Wolności), a następnie przy ul. Konstantynowskiej 5 (obecnie ul. Legionów). W dotychczasowej literaturze, podkreślającej jego działalność patriotyczną, niekiedy uznawany jest za pierwszego fotografa, który pracował w Łodzi. Niesłusznie, bowiem kiedy wiosną 1862 r.