W latach 1689–1691 rozpoczął się pierwszy etap budowy miasta Szczuczyna. 9 listopada 1692 uznaje się za datę powstania miasta. Po wielkim pożarze w 1699 miasto zostało odbudowane przez S. A. Szczukę. Jan III Sobieski nadał Szczuczynowi prawa miejskie magdeburskie. Był on fundatorem barokowego zespołu kościoła, kolegium i klasztoru, jako wotum wdzięczności za wiktorię wiedeńską. W 1700 r. rozpoczęło tu działalność kolegium pijarskie. W 1721 r., już po śmierci S. A. Szczuki, powstała w Szczuczynie szkoła dla dziewcząt. Szczuczyńskie kolegium kończyli zasłużeni uczeni: Jakub Falkowski, Antoni Waga, Jakub Waga, Teodor Waga, Bronisław Trentowski. Uczył się tu Józef Andrzej Załuski. Istniał tutaj pierwszy w Polsce instytut dla głuchoniemych, który w 1816 r. przeniesiono do Warszawy. W XIX wieku na rozwój Szczuczyna wpłynęło poprowadzenie nowej drogi z Warszawy do Kowna, która ominęła pobliską Wąsosz.
W 1858 r. powstał w Szczuczynie szpital pw. św. Stanisława.
W Szczuczynie od wieków istniała prężna, zamożna i liczna wspólnota żydowska. Według danych z 1921 roku w Szczuczynie mieszkało 2506 Żydów, co stanowiło 56% ludności miasteczka.