Jefferson, zmęczony politycznymi sporami w rządzie, zrezygnował ze stanowiska pod koniec 1793 i 16 stycznia 1794 powrócił do Monticello.

Wiceprezydent USA thumb|150px|Pieczęć wiceprezydenta Zaniepokojeni działalnością federalistów, demokratyczni republikanie wystawili kandydatury Thomasa Jeffersona i Aarona Burra w wyborach prezydenckich w 1796 roku. Jefferson w głosowaniu Kolegium Elektorów zdobył 68 głosów, przy 71 głosach ówczesnego wiceprezydenta Johna Adamsa. Zgodnie z ówczesnymi zasadami, to właśnie Adams został zaprzysiężony na 2. prezydenta Stanów Zjednoczonych, a Jefferson został wiceprezydentem.

Prezydentura Gabinet Thomasa Jeffersona (1801–1809)Urząd Nazwisko KadencjaPrezydent Thomas Jefferson 1801–1809Wiceprezydent Aaron Burr 1801–1805 George Clinton 1805–1809Sekretarz stanu James Madison 1801–1809Sekretarz skarbu Samuel Dexter 1801–1801 Albert Gallatin 1801–1809Sekretarz wojny Henry Dearborn 1801–1809Prokurator generalny Levi Lincoln 1801–1804 Robert Smith 1805–1805 John Breckinridge 1805–1806 Caesar Augustus Rodney 1807–1809Poczmistrz generalny Joseph Habersham 1801–1801 Gideon Granger 1801–1809Sekretarz Marynarki Wojennej Benjamin Stoddert 1801–1801 Robert Smith 1801–1809