Po śmierci Wilhelma, w wyniku namów biskupa Werony, Salmeron powrócił do Werony 24 września 1550 i wyjaśniał Ewangelię Mateusza.
W 1551 wezwano go do Rzymu, by pomógł Loyoli w pracy nad konstytucją Towarzystwa Jezusowego. W lutym 1551 zainaugurował w Neapolu seminarium jezuickie, ale już kilka miesięcy później został wezwany przez Loyolę z powrotem na sobór trydencki jako teolog papieża Juliusza III. On i Laynez jako pierwsi zabrali głos podczas wstępnych obrad. Kiedy sobór po raz kolejny zawiesił obrady, w październiku 1552 Salmeron wrócił do Neapolu, a w maju 1555 papież Paweł IV wysłał go na sejm Rzeszy w Augsburgu z nuncjuszem Luigi Lippomano, później do Polski, a w kwietniu 1556 do Belgii.
W kolejną podróż do Belgii udał się 2 grudnia 1557 jako doradca kardynała Gian Pietra Carafy (późniejszego papieża Pawła IV). W 1558 Laynez wyznaczył Salmerona pierwszym prowincjałem jezuickim w Neapolu, a w 1561 – podczas legatu apostolskiego we Francji – głównym wikariuszem zakonu. Sobór trydencki po przerwie wznowił obrady w maju 1562 i trzeci już podczas tego soboru papież, Pius IV, wybrał Salmerona i Layneza na swoich teologów. Tematem obrad była bardzo delikatna kwestia boskiego pochodzenia praw i obowiązków biskupów.