Kajak był też jednym z inicjatorów długoterminowych badań jakości wód – prowadził badania jezior mazurskich i Zbiornika Zegrzyńskiego (stanowisko włączone do Międzynarodowej Sieci Badań Długoterminowych, ILTER).
Publikacje Zdzisław Kajak opracował od roku 1953 ponad 180 publikacji naukowych (ponadto około 70 ekspertyz, opinii, recenzji i tekstów popularnonaukowych). Książka „Hydrobiologia – limnologia. Ekosystemy wód śródlądowych”, należąca do podstawowego zestawu podręczników akademickich w dziedzinie hydrobiologii, była wydana czterokrotnie (2 wydania skryptu uczelnianego i 2 wydania w PWN). Spośród innych publikacji wymienia się np.: 1958 – Zdzisław Kajak, Próba interpretacji dynamiki liczebności fauny bentonicznej w wybranym środowisku łachy wiślanej „Konfederatka”, PWN Warszawa, 1958 – Zdzisław Kajak, Preliminary Interpretation of the Dynamics of Benthic Fauna Abundance in a Chosen Environment of the Konfederatka Pool (old River Bed) Adjoining the Vistula River, Department of the Interior, 1959 – Zdzisław Kajak, Tendipedidae bentosowe środowisk śród i przyrzecznych środkowego biegu Wisły, PWN Warszawa, 1961 – Zdzisław Kajak, Bentos profundalny jezior Tajty i Grajewko, PWN, 1963 – Zdzisław Kajak, Analysis of quantitative benthic methods, Wyd.