We wrześniu 1939 reklamowany od służby wojskowej, a następnie ewakuowano go razem z jego instytucją na wschód, docierając do Lwowa. Powrócił do Warszawy w grudniu 1939, w której zamieszkał przy ul. Szustra 3a. Od tego miesiąca w konspiracji jako organizator i następnie od wiosny 1940 przewodniczący prezydium „Znaku”Zaplecze polityczne organizacji TAP, a zarazem przewodniczący kolegium redakcyjnego pisma „Znak”Wydawane od marca 1940. Od grudnia 1939 był po swoim synu, Janie, szefem komórki wywiadu w Sztabie Głównym TAP. Kiedy „Znak” wszedł w skład KNWrzesień–październik 1940 był członkiem Tymczasowego Związku Rady, a od stycznia 1941 członkiem Prezydium KN, który odpowiadał za sprawy polityczne. Pozostał do śmierci przywódcą grupy „Znak”, którą przekształcono w 1942 w Związek Odrodzenia Narodowego. 26 października 1942 został aresztowany w swoim mieszkaniu i w tym samym dniu zamordowany podczas śledztwa w siedzibie Gestapo w Alei Szucha.