Jana Chrzciciela do cerkwi Podwyższenia Krzyża Pańskiego przeniesiono kopię Iwerskiej Ikony Matki Bożej. Zawierała ona partykuły relikwii świętych ziemi uralskiej i woroneskiej. Jesienią 1995 decyzją biskupa Nikona, cerkiew zaczęła podlegać (jako podworje) pod monaster św. Mikołaja w Wierchoturiu, a przełożonym nowej wspólnoty został hieromnich Filaret (Szestakow). Już w kilka tygodni później sytuacja kanoniczna uległa zmianie. Na prośbę biskupa Nikona, 26 grudnia 1995, Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego ustanowił męski monaster Podwyższenia Krzyża Pańskiego w Jekaterynburgu, skupiony wokół cerkwi. Na przełożonego wyznaczony został wspomniany hieromnich Filaret (Szestakow). W lutym 1996 zapadł on na ciężką chorobę i latem tego samego roku został zastąpiony przez hieromnicha Fławiana (Matwiejewa), późniejszego igumena. Kopuła budowli została zrekonstruowana w latach 1999–2000. Dalsza renowacja świątyni zakończyła się po 2001. Nie zdecydowano się na odbudowę dzwonnicy.