Kolejne dziesięciolecie trwała odbudowa i przywrócenie świątyni jej dawnej świetności.
Monaster Podwyższenia Krzyża Pańskiego Cerkiew Podwyższenia Krzyża w pierwszych latach po jej odzyskaniu przez wiernych Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego związana była z Kozakami uralskimi. Ulokowali się oni w przybudówce pochodzącej z czasów sowieckich. Ta spłonęła w 1994, a biskup jekaterynburski Nikon polecił Kozakom zaprzestania dalszej działalności tuż przy cerkwi. Władze eparchii zdecydowały więc o zmianie profilu działalności duszpasterskiej w tej części miasta. Jesienią 1995, biskup Nikon zdecydował się utworzyć wokół cerkwi męską wspólnotę monasterską. Podlegała ona, jako podworje, pod monaster św. Mikołaja w Wierchoturju, a na jej czele stanął hieromnich Filaret (Szestakow). Sytuacja podległość wobec Wierchoturia nie trwała długo, bo już wkrótce doszło do zmiany. Na prośbę biskupa Nikona, 26 grudnia 1995, Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego erygował męski monaster Podwyższenia Krzyża Pańskiego w Jekaterynburgu. Przełożonym wspólnoty został wyznaczony Fiaret (Szestakow). Od tego momentu monaster uzyskał samodzielność.