Sieć wodna thumb|Skaliste koryto Przegini w Rdzawie Cały teren gminy znajduje się w zlewni Raby. Największy ciek to płynący przez środek gminy, przez miejscowości Łąkta Dolna i Trzciana Potok Sanecki, zwany też Sanką. Północne zbocza Kamionnej, Pasierbieckiej Góry i południowej części gminy odwadniają potoki Kamionka i Przeginia oraz jej dopływ Rdzawka. W północnej części gminy płyną tylko dwa niewielkie potoki; Kaliszanka i Cichawka. Sieć wodna jest gęsta, duża jest też liczba źródeł występujących w warstwach piaskowca. Są to głównie źródła szczelinowe, niektóre mają dużą wydajność.
Przyroda thumb|Diabelski kamień w Trzcianie Według geobotanicznej regionizacji Polski B. Pawłowskiego M. Towpasza gmina Trzciana znajduje się w prowincji Górskiej, Środkowoeuropejskiej, w dziale Karpat Zachodnich, okręgu Pogórze Karpat Zachodnich, podokręgu Pogórze Fliszowe. Większa część terenu to piętro pogórza, południowe obszary (Pasierbiecka Góra i góra Kamionna) znajdują się w reglu dolnym. Lasy zajmują 23,5% powierzchni gminy, są to różnorodne zespoły leśne, głównie grądy, łęgi, jedliny, bory sosnowe i buczyny. Są to lasy silnie zmodyfikowane przez działalność człowieka. Jedynie w podwierzchołkowych partiach góry Kamionnej zachowały się prawie naturalne fragmenty pierwotnych lasów.