Co roku 19 kwietnia, w rocznicę wybuchu powstania w getcie warszawskim, organizowane są specjalne wystawy oraz wykłady. Muzeum prowadzi szeroką działalność badawczą, edukacyjną, wydawniczą i kulturową. Od 1995 roku przy muzeum działa Centrum Edukacji Humanistycznej, które współpracuje z United States Holocaust Memorial Museum w Waszyngtonie. Centrum oferuje odmienny od ogólnie przyjętego sposób podejścia do nauczania o Holokauście. Założeniem jest, że poprzez zajęcia edukacyjne o Holokauście można prowadzić do zrozumienia wartości humanizmu i demokracji, budując w jednostkach właściwą ocenę moralną i odpowiedzialność obywatelską. Jest to punkt wyjściowy, który umożliwia prowadzenie zajęć warsztatowych. Odrębne zajęcia prowadzi się dla różnych grup wiekowych uczniów i studentów, dla nauczycieli oraz innych zainteresowanych.
Muzeum Pamięci Dzieci thumb|240px|Muzeum Pamięci Dzieci Muzeum Pamięci Dzieci jest wyjątkowym oddziałem Muzeum Bojowników Getta. Dokumentuje ono historię żydowskich dzieci podczas Holokaustu i daje zwiedzającym możliwość edukacji.