Uznano, że może zajmować się działalnością szpiegowską.
W nocy z 19 na 20 września 1950 roku został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa w ramach Akcji „B”, pod zarzutem „roboty wywiadowczej”. Na pierwszych przesłuchaniach był pytany o swój życiorys. Interesowano się, co robił w okresie międzywojennym. Podczas przesłuchań stosowano tortury wodne. Krakiewicz załamał się, w kwietniu i maju 1951 dostarczył informacji, które częściowo potwierdziły podejrzenia ze strony organów BP. Potwierdził, że działacze ewangelikalni zajmowali się działalnością polityczną przed wojną, podczas wojny i po wojnie. Potwierdził, że zagraniczni emisariusze sekt wypytywali o sytuację polityczną i ekonomiczną Polski. Zaprzeczył jednak, by ktokolwiek udzielał odpowiedzi na takie pytania. Zeznania Krakiewicza z tego okresu utwierdziły Departament V MBP o słuszności aresztowań. Arkadiusz Liberman, zastępca naczelnika Wydziału III Departamentu V MBP uznał, że zeznania te mogą służyć za punkt wyjściowy do dalszego śledztwa i stwarzają perspektywę dla osiągnięcia wyników. W roku 1951 przez wiele miesięcy ciężko chorował. Komisja lekarska, która go badała 13 września 1951 roku, rozpoznała u niego zwyrodnienie miażdżycowe mięśnia sercowego, podciśnienie tętnicze, niedokrwistość wtórną i nieżyt żołądka.