19 grudnia 1951 roku przekazany został Generalnej Prokuraturze wraz z aktem oskarżenia. Podczas procesu drążono sprawę pracy dla Delegatury Rządu Londyńskiego podczas okupacji. W styczniu 1952 roku został skazany na dwa lata więzienia za „szeptaną propagandę” i „nielegalny handel obcą walutą”. W więzieniu był inwigilowany, a współwięźniowie donosili na niego. Według donosów jednego ze współwięźniów miał śpiewać pieśni religijne w języku niemieckim. Wyszedł na wolność 8 października 1952 roku. Pobyt w więzieniu odcisnął na nim trwałe piętno, był przekonany, że do jego aresztowania przyczynił się Szymon Biliński. Kandydatów na duchownych przestrzegał, że ich też mogą spotkać aresztowania.
Prezes ZKE thumb|Fragment Notatki pracownika UdSW, 18 listopada 1968 roku (AAN UdSW 131/482) Po wyjściu na wolność został wybrany na prezesa ZKE. Jako prezes wielokrotnie łamał obowiązujący Statut ZKE. Zgłaszając swoją kandydaturę na prezesa mawiał: „przyjmę stanowisko prezesa Rady, jeśli Bracia powierzą mi ten mandat”. Czynił wysiłki na rzecz poszerzenia ZKE, nakłaniał baptystów, by przyłączyli się do jego Kościoła, ale baptyści zachowali daleko idącą ostrożność i zarzucali Krakiewiczowi brak konsekwencji. Jako prezes, wspierał swoje ugrupowanie, a agendy kościelne powierzał jego działaczom.