Ponadto w tym samym roku otrzymał Złoty Krzyż Zasługi za osiągnięcia na polu pracy społecznej.
Po wybuchu II wojny światowej został powołany do służby czynnej. Podczas kampanii wrześniowej dostał się na kilka dni do niewoli niemieckiej w Skierniewicach. Po powrocie do gostkowskiej parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny (Dekanat Chełmża) 17 października 1939 został aresztowany i trafił na dwa miesiące do więzienia Gestapo na terenie Fortu VII w Toruniu.
Powtórnie aresztowany został prawdopodobnie 15 stycznia 1940. Był więźniem niemieckich obozów koncentracyjnych w KL Stutthofie, od 10 kwietnia w KL Sachsenhausen, gdzie od 6 sierpnia wyznaczony był przez władze obozowe do administrowania kaplicą obozową, a od 14 grudnia w KL Dachau, otrzymując numer obozowy 22 661. W Dachau w okresie od 25 marca do 17 września 1941 sprawował Eucharystię w bloku nr 26.
Ks. Paweł Prabucki zmarł 30 sierpnia 1942 wskutek wycieńczenia fizycznego i okrutnego traktowania, a jego ciało zostało poddane kremacji. W tym samym obozie zginęli też jego rodzeni bracia, również księża: Alojzy Prabucki (17 lipca 1942) i Bolesław Prabucki (12 sierpnia 1942).