Na terenie gminy Wilkołaz występuje 24 rzadkich i chronionych gatunków roślin: 7 gatunków objętych ścisłą ochrona gatunkową (barwinek pospolity, lilia złotogłów, listera jajowata, orlik pospolity, parzydło leśne, podkolan biały, wawrzynek wilczełyko) 6 gatunków objętych ochroną częściową (kalina koralowa, konwalia majowa, kopytnik pospolity, kryszyna pospolita, pierwiosnek lekarski i przytulina wonna). 11 gatunków, których występowanie na obszarze Wyżyny Lubelskiej jest rzadkie (bez koralowy, jemioła pospolita, korzeniówka pospolita, narecznica mocna, pieprzyca gęstokwiatowa, rzęsa garbata, wgłębka wodna, sierpik barwierski, starzec Fuchsa, stokłosa żytnia, szczaw brodaty, tymotka Bohemera, żabiniec lancetowaty). Część północna gminy Wilkołaz znajduje się w zasięgu leśnego korytarza ekologicznego o znaczeniu regionalnym, zapewniającego łączność Czemiejowskiego Obszaru Chronionego Krajobrazu na wschodzie z Chodelskim Obszarem Chronionego Krajobrazu na zachodzie. Częściowo zalesiona południowa część gminy znajduje się w zasięgu Kraśnickiego Obszaru Chronionego Krajobrazu oraz leśnego korytarza ekologicznego o znaczeniu krajowym łączącego Kraśnicki Obszar Chronionego Krajobrazu z Chodelskim Obszarem Chronionego Krajobrazu.