W roku 1980 wykazano, że przeciwciało OKT3 reaguje swoiście z limfocytami T wykrywanymi standardowo wówczas stosowanym testem rozetkowym. Rok później Chang i wsp. opisali antygen reagujący z przeciwciałem OKT3 jako element kompleksu odpowiedzialnego za rozpoznawanie antygenów przez komórki T. Na podstawie tych i innych badań przeciwciało OKT3 zostało uznane za cząsteczkę reagującą z molekułą swoistą dla limfocytów T i w ramach prac konferencji Human Leukocyte Differentiation Antigens (HLDA), która ustala nomenklaturę CD, antygen rozpoznawany przez przeciwciało OKT3 uzyskał oficjalną nazwę CD3.
Ekspresja Każdy z łańcuchów CD3 jest kodowany przez osobny gen:
łańcuch CD3γ jest kodowany przez gen CD3G, u człowieka zlokalizowany na chromosomie 11q23, łańcuch CD3δ jest kodowany przez gen CD3D, również zlokalizowany na chromosomie 11q23, łańcuch CD3ζ jest kodowany przez gen CD247 (dawniej CD3Z), znajdujący się na chromosomie 1q22-q25. W wyniku alternatywnego splicingu łańcuch CD3ζ może być wytwarzany w formie zawierającej mniej motywów aktywujących limfocyty i jest wtedy określany jako CD3η. Ta forma białka jest produkowana głównie w tymocytach i zastępuje częściowo CD3ζ w kompleksach TCR.